1997 年 ８ 月 有限会社アルゴを設立
1997 年 10 月 本社所在地を東京都江戸川区へ移転
2000 年 ３ 月 本社所在地を東京都江東区へ移転
2003 年 ５ 月 本社所在地を東京都文京区へ移転
名称を有限会社アト・システムに変更
2009 年 11 月 本社所在地を東京都豊島区へ移転
株式会社へ組織変更し、
名称を株式会社アト・システムに変更
2013 年 2 月 本社所在地を丸善大塚ビルへ移転
2014 年 11 月 資本金を1,100万円に増資